Thomas Fuster wurde 1967 in Appenzell geboren. Er studierte Volkswirtschaftslehre an der Universität St. Gallen, wo er nach dem Lizenziat eine Stelle als wissenschaftlicher Assistent der Volkswirtschaftlichen Abteilung antrat und eine Dissertation zu einem entwicklungspolitischen Thema verfasste. 1998 trat er in die Wirtschaftsredaktion der NZZ ein. Anfang 2001 zog er als Korrespondent nach Ostasien. Mit Sitz in Tokio berichtete er über die Wirtschaft und Politik Japans, beider Korea und Taiwans. Im Sommer 2007 übernahm er den Posten als Korrespondent für Ostmittel- und Südosteuropa mit Domizil in Wien.
Seit Sommer 2014 ist er wieder auf der NZZ-Wirtschaftsredaktion in Zürich tätig und kümmert sich dort vor allem um makroökonomische Themen. Fuster ist verheiratet und Vater von zwei Kindern.